鉬酸鈉有毒，但屬低毒化合物。鉬中毒會引起關節疼痛，造成血壓偏低和血壓波動，神經功能紊亂，代謝過程出現障礙。

鉬酸鹽毒性較低，對環境污染污染程度低，是目前應用較多的一種新型水處理劑。常與聚磷酸鹽、葡萄糖酸鹽、鋅鹽、苯并三氮唑復配使用，不僅減少鉬酸鹽的使用量，而且可以提高緩蝕效果，復配后鉬酸鹽的用量由200～500mg/L下降至4～6mg/L。